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1973年11月27日根据第239号《国家安全决策备忘录》将净评估转隶至国防部部长办公室，国防部净评估办公室（ONA）成立，之后一直由安德鲁•马歇尔担任主任，从尼克松政府到奥巴马政府，马歇尔经历了8位总统和13位国防部部长。净评估作为一个系统性分析框架，为决策者和战略规划提供客观公正的评估和分析，并通过分析方法、机构独立性，甚至马歇尔个人和他编织的“净评估网络”，对美军长期战略规划方面有着巨大的影响力。
2015年3月2日，净评估办公室主任马歇尔最后一次作为公务员从五角大楼走出，标志着其作为国防部历史上最有影响力的雇员之一42年职业生涯的终结。同年5月，美国前国防部长阿什顿·卡特任命时任联合参谋部战略计划与政策部第一副部长詹姆斯·贝克出任净评估办公室“新掌门”。
2015年5月，前国防部长卡特任命詹姆斯·贝克为新任净评估办公室主任。卡特对他的评价是：“从军队生涯到在参联会的工作，詹姆斯·贝克投入了大量的时间和经历思考未来安全环境。他有经验、创造力和长远视野协助国家绘制一条通向不确定未来的清晰路径——评估今天的趋势以便为明天的挑战和机会做好准备”。
美国国防部历史上最有影响力的雇员之一安德鲁·马歇尔
事实上，贝克并非前净评估办公室主任安德鲁·马歇尔的追随者，他一直出任海军退役上将迈克尔·马伦和参联会主席马丁·邓普西的幕后顶层顾问，尽管在五角大楼之外鲜为人知，但被认为是国防部中受到尊敬且有影响力的人。在任联合参谋部战略计划与政策部门副主任和参联会主席的战略顾问期间，他领导了一个专门负责对当前政策进行红队分析的小组，为所有政治、军事问题提供具有创造性的全球战略观点。
在马伦手下工作时，他是主席行动小组的主管，他的团队完成了成百份对伊朗、巴基斯坦、俄罗斯、网络空间、军民关系和军队同性恋问题的分析和研究，他还陪同马伦到访过包括伊拉克和阿富汗在内的30多个国家。但是这一段工作更多运用的是在每天或每年的基础上检验战略和政策的能力，这与马歇尔的净评估办公室20～30年的工作范围不同。曾在马歇尔的净评估办公室工作过的海军退役上校杰瑞·亨德里克斯，目前是新美国安全中心的高级研究员，他表示虽然贝克不是“圣·马歇尔学院”的“学生”，但接替净评估办公室主任一职也是合理的：“我们得等贝克进入工作状态后，再看他是否拥有这个办公室的远见，或是将注意力缩短到更紧迫或中期的挑战上”。不过，亨德里克斯认为继任者和马歇尔之间是有相似之处的，“贝克愿意做人后之人，这是对马歇尔行事方式的延续”。
据内部透露，卡特跳过多个角逐这一职位的马歇尔的追随者而选择了贝克，他的选择反映出卡特本人改变办公室侧重点的意愿。办公室一直以来都聚焦在美国的长期威胁上，受困于紧迫问题的五角大楼经常忽略这一点。在贝克的领导下，办公室将在思考未来的同时更多地聚焦近期威胁。亨德里克斯表示：“这一选择看起来是一个与过去的净评估办公室分道扬镳的标志”。在2015年6月4日一片题为《指南》的内部通知中，美国前国防部长卡特表示期待办公室在贝克的领导下更多地在当前国防政策问题，而不是假设性的未来威胁上发挥专长。其中，卡特强调分析未来战争不应该牺牲为国防部长就当前紧迫的政策问题作最新的信息咨询，“……帮助我思考近期政策决定的长期结果。你们的工作仍然是聚焦未来，但你们必须确保团队的工作与我有现时关联性”。另外，他希望办公室的工作能强调“寻找机会，而不仅仅是挑战”，并且还要与美国情报机构有密切联系。通知还提出净评估办公室将能够接触国防部所有机密的计划。美国战略圈对卡特这项通知的反馈大体上是消极的，比如一个分析人士认为卡特的决定将对国家安全智慧资本带来长久的负面影响。
根据2016年的一篇报道，净评估办公室因将预算过多用于外部研究项目，却没能产生自己的高机密净评估产品而受到诟病。五角大楼发言人并未回答净评估办公室在过去几十年中是否产生了净评估产品，他表示：“净评估办公室资助了大量的外部研究，当国防部长和参联会主席需要或要求时办公室会提供净评估”。但在五角大楼里，一些军事官员开始称净评估办公室为“没有威胁评估办公室”。国会在2016财年国防授权法案中委托净评估办公室对核武器威胁进行净评估并在11月之前向国会做报告，这是由净评估办公室所做的几项净评估之一。为填补这个空白，联合参谋部，在参联会主席邓福德的要求之下，开始进行自己的净评估，而没有净评估办公室的参与。邓福德的参联会兵力结构、资源和评估部门已经对中国和俄罗斯的威胁进行了净评估。6月份，联合参谋部安东尼·伊拉尔迪向净评估办公室主任贝克进行咨询，要在联合参谋部中建设一个净评估办公室，贝克反对这个提议并强烈建议伊拉尔迪组建一个三四人的小组作为替代。据说净评估办公室副主任安德鲁·梅也反对成立联合参谋部净评估单位，担心军队的评估会比文职人员的更加强硬。邓福德的发言人表示联合参谋部不会建立另一个办公室，而是运用现有的参谋和额外的顾问来做净评估。另外，净评估办公室外包研究项目的价值在一些批评中也受到质疑。办公室最近的外包研究包含了顺应白宫政治正确的话题，声称气候变化是美国国家安全最严峻的挑战。还有一个例子，净评估办公室赞助洛克菲勒大学全球变暖的研究对杰西·奥苏贝尔的观点持支持态度，此人认为不断扩大的全球繁荣和资源将减少全球冲突——这一观点和民间与军队情报评估相左，后者认为全球威胁环境正变得更加复杂和危险。
根据2017年11月的一篇报道，五角大楼总检察长就针对净评估办公室主任詹姆斯·贝克的指控展开初步调查，后者被控对告发操纵外包合同的告密者实施报复。9月28日，总检察长发起了一项正式的“揭发者报复调查”，调查贝克对净评估办公室高级官员亚当·勒夫哲实施各种报复行为的指控。勒夫哲曾警告贝克可能存在同外部政治相关承包者的私下交易，包括切尔西·克林顿的一位女性友人。他特别抗议了过去十年间净评估办公室给这位切尔西友人公司LTSG高达1120万美元的合同。勒夫哲的代理人控诉称，贝克继续维持这项和LTSG的合同就是希望它可以在克林顿当选总统后能帮上他。代理人在9月13日写给国防部长马蒂斯的参谋长的信中表示：“我们认为贝克对此的兴趣就在于LTSG与克林顿的关系，他妄想在克林顿胜选后利用这一关系，并利用LTSG作为办公室退休人员的着陆点”。勒夫哲声称贝克通过四个指控对他进行报复，致使他不能出任国安委的高级主管。四个指控包括未授权前往以色列的私人旅行，未授权与印度政府联系，将非机密文件带回家，以及在飞机上阅读机密文件。里根时期的前助理国防部长理查德·珀尔表示：“出于政治原因，他（勒夫哲）明显成为了被驱逐出政府的目标，而这行为是有意的，他是特朗普的效忠者，而这些指控是由奥巴马政府留任者（贝克）发起并坚持的。”无论勒夫哲指控事件调查结果如何，都会使初掌净评估办公室的贝克顺利开展工作受到影响。
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